Le Comité coopère avec d’autres organes de l’UA qui s’occupent des droits de l’homme, tels que la Commission africaine des droits de l’homme et des peuples et la Cour africaine des droits de l’homme et des peuples.

Elle coopère également avec des organisations sœurs, en particulier le Comité des droits de l’enfant des Nations Unies.